Mieszkańcy Kolonii należeli początkowo do parafii farnej. Gdy w 1899 wybudowano kaplicę, która stała się od początku własnością kolei, nikt nie chciał objąć jej w zarząd. Dopiero w 1903 roku duszpasterstwo przy kościółku św. Elżbiety przejęli sądeccy jezuici. Część kolejarzy niezbyt chętnie przyjęła przybyłych zakonników. Kolonia była znana bowiem jako ognisko socjalistów, którzy byli bardzo wrogo nastawieni do Kościoła. Na drugi dzień po objęciu kaplicy przez jezuitów l maja w czasie pochodu, przywitano ich okrzykami: hańba im! Precz z jezuitami!!!”
Robotnicy kolejowi, którzy mieszkali daleko od kościoła i na skutek tego byli obojętni religijnie, teraz, kiedy mieli kościół na miejscu, zaczęli do niego coraz częściej przychodzić. Niektórzy zapisali się do Bractwa Serca Pana Jezusa, do Sodalicji i do różańca. Znaleźli podporę ze strony innych robotników katolickich. Dało im to poczucie siły Przestali się bać i ulegać socjalistom. Ale przez wiele lat praca jezuitów napotykała na ogromne trudności materialne. Nie było plebani. Kościółek był słabo wyposażony. Jezuici wynajmowali pomieszczenia mieszkalne i starali się o wybudowanie własnego domu. Gdy ani kolej, ani rząd ich nie wsparły dwukrotnie składali rezygnację z prowadzenia placówki.
Gdy ta wiadomość rozeszła się wśród kolejarzy, postanowili wybudować dom swoim duszpasterzom. Uformowali komitet opieki nad kościołem, zbierali składki. W 1922 r. rozpoczęto pierwsze przygotowania. Przy kopaniu dołu na wapno pracowało dwóch mężczyzn. Jeden z nich był jednorękim kaleką. Jego praca stała się symbolem ofiarności ludzi, którzy pragnęli stworzyć własną wspólnotę parafialną.
Cesarsko – królewski epizod
Austriackie władze kolei państwowych postanowiły w 1885 r. wybudować warsztaty, konieczne do naprawy taboru kolejowego. Znaleźli tu pracę liczni robotnicy, którzy osiedlili się w jednorodzinnych domkach wybudowanych specjalnie dla nich, w pobliżu dworca kolejowego.
 Dworzec kolejowy w Nowym Sączu |
 |
Nowe osiedle nazwano kolonią kolejową. Zamieszkało w niej ok. czterech tysięcy ludzi. Pomimo, że mieszkania były wygodne, robotnicy nie byli zadowoleni. Po zakupy, do szkoły i do kościoła trzeba było chodzić dwa kilometry do miasta. Naczelnik stacji Klein w imieniu kolejarzy wystąpił do dyrekcji z prośbą o wybudowanie szkoły i kościoła.
 Sąsiadujący z kościołem budynek szkoły |
Prezydent generalny dyrekcji dr Leon Biliński przychylił się do prośby i wyasygnował na budowę szkoły 20.000 zł. i na budowę kaplicy szkolnej 45.000 zł. Dla łatwiejszego uzyskania zezwolenia na budowę podano, że będzie to kaplica jubileuszowa, upamiętniająca półwiecze panowania cesarza Franciszka Józefa. Dlatego też na frontonie kościoła umieszczono portal z emblematami jubileuszowymi, korona, monogramem i cyframi 1848-1898. Również z tego powodu świątynię wzniesiono pod wezwaniem św. Elżbiety, która też była patronka cesarzowej, zwanej Sisi. Historia austriackiego panowania w Galicji odeszła w przeszłość.